Ok... zacznijmy od poczatku - dobry opis tego co sie dzieje w Twoim systemie bardzo sie przydaje.
Tak wiec:
1. To ze placisz za windowsa absolutnie nie znaczy ze bedzie bezpieczny - logika moglaby tak wskazywac ale zycie prostuje natychmiast
2. niedawno byla dziura w IE9 (kwestia chyba max 2 tygodni... a z reszta kiedy nie ma czegos na IE lol) - jeden wektor juz jest
3. Miranda - zaleznie ktorej wersji uzywasz, bywaly bardzo dziurawe i takie lepsze wiec potencjalnie drugi wektor
4. Flash - no... Adobe zawsze jest na szczycie... listy firm z dziurawymi produktami. Kolejny potencjalny wektor ataku.
5. MS Security Essentials jest nawet ok - sam uzywam 
6. Pen-drive - marne szanse aby cos tam bylo, jesli instalowales latki do windows'a tak jak wychodzily to autorun masz wylaczony
7. Po zajsciu zaczales instalowac antywirusy (i to nie jeden), zaczlales skanowac system itp itd. W ten sposob zniszczyles bezpowrotnie slady ktore moglyby pomoc w odkryciu tego co tam sie tak na prawde stalo.
windows zapisuje mase logow i mozliwe ze udaloby sie cos wyciagnac metodami stosowanymi w kryminalistyce (mowie tutaj w ogolnym znaczeniu), NTFS tez zapisuje sporo informacji, mozna zbudowac timeline albo i super timeline i bysmy sie dowiedzieli jaka aplikacja skasowala pliki, ale teraz to juz nie ma czego szukac raczej - za duzo zmian wprowadziles do systemu plikow.
Windows 7 tworzy domyslnie obrazy dysku co pewien czas - np przy instalowaniu nowych sterownikow, aktualizacji itp. Jesli uzywasz kompa (np laptop) podpietego do pradu caly czas to takie kopie beda sie robic co 5-8 dni zazwyczaj w Twoim przypadku. Mozna system przywrocic do stanu z ostantniej kopii i 'cofnac' wszelkie zmiany, wlacznie z zainstalowanym softem itd... a wiec byc moze i odzyskac utracone pliki - zakadajac ze usluga dzialala (domyslnie dziala) i jej nie wylaczyles.
Odpal w wierszu polecen i przyslij co Ci zwrocily polecenia
Kod:
vssadmin list volumes
vssadmin list shadow
vssadmin list shadows
Do tego mozesz prawym przyciskiem na moje dokumenty, ostatnia zakladka po prawej 'poprzednie wersje' (lub podobna jesli bedzie) - powinna byc opcja przywrocenia plikow 
Dane pewnie da sie jeszcze odzyskac, ale nie sadze abys teraz doszedl co sie stalo i dlaczego.